顯微鏡儀器一般會工作在條件相對惡劣的環境下。顯微鏡的防塵主要在連接目鏡、物鏡以及攝像機接口處進行防塵，主要的方法是非工作時間加蓋防塵罩，這樣可以避免漂浮灰塵的污染。但如果有煙霧等漂浮物污染，則要在非工作時間將設備放置到無塵、干燥的房間保管。如果顯微鏡必須工作在潮濕的環境下，則要保證不要將水，特別是腐蝕性液體濺到顯微鏡上。另外，在非工作時間要將顯微鏡搬移到干燥、通風的環境保管。關于鏡下工作污染問題，可以在物鏡下方安裝一個防塵物鏡框，每天進行清洗。如果顯微鏡用于目視焊接，那物鏡處會集聚很多油污，這里應該每天用酒精清洗，或者選擇工作距離較長的物鏡來長距離工作，以減少污染。